Pada awalnya, didorong adanya keinginan untuk melanjutkan bimbingan bagi siswa-siswi lulusan SMP, dan untuk lebih meringankan beban wali murid di daerah kepanjen dan sekitarnya, maka beberapa pendidik sekolah katolik di Kepanjen dengan restu romo paroki membentuk panitia pendirian SMA Katolik dengan susunan panitia sebagai berikut :

Pada tanggal 01 Agustus 1960 sekolah resmi dibuka oleh panitia. Hari itu kemudian diperingati sebagai Hari Ulang Tahun SMAK Yos Sudarso Kepanjen. Jumlah siswa pertama bagian B : 29 siswa, Bagian C : 27 siswa, dengan pimpinan sekolah VJ. Warnosoedirdjo merangkap kepala SMPK St. Yoseph Kepanjen

Karena belum memiliki ruang belajar yang permanen, maka kegiatan belajar mengajar menggunakan ruang SDK. SMA Katolik ini baru mendapat pengakuan dari Departemen Pendidikan dan Kebudayaan Jakarta pada tanggal 1 September 1961 berdasarkan Surat Nomor 156/433, dengan nama SMA/BC Katholik Yayasan Karmel di Kepanjen. Awal tahun 1962 nama sekolah di ganti menjadi SMA Katolik Yos Sudarso Kepanjen sampai hari ini.

Dalam berkembangannya sejak diadakannya akreditasi sekolah swasta tanggal 1 Oktober 1983 SMA Katolik Yos Sudarso Kepanjen berstatus DIAKUI. Pada tahun berikutnya statusnya menjadi DISAMAKAN berdasarkan SK Dirjen Dikdasmen Depdikbud no. 525/C/Kep/93. Pada tahun 2005 berdasarkan SK no. 04/5/BASDA- P/I/2005 SMAK Yos Sudarso Kepanjen berstatus terakreditasi B. Pada tahun 2016 berdasarkan SK Penetapan Badan Akreditasi Nasional Sekolah (BAN-S/M) No. 200/BAP-S/M/SK/X/2016  SMAK Yos Sudarso Kepanjen berstatus terakreditasi A sampai sekarang.